{"id":2418,"date":"2023-05-12T22:30:00","date_gmt":"2023-05-12T20:30:00","guid":{"rendered":"https:\/\/bgene.fr\/?p=2418"},"modified":"2024-12-02T08:42:15","modified_gmt":"2024-12-02T08:42:15","slug":"la-bio-informatique-cest-quoi","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.bgene.fr\/en\/la-bio-informatique-cest-quoi\/","title":{"rendered":"La bio-informatique, c\u2019est quoi\u00a0?"},"content":{"rendered":"

Situ\u00e9e au carrefour des math\u00e9matiques, de l’informatique, de la biologie et des statistiques, la bio-informatique est un domaine en pleine expansion. Dans cet article, nous vous racontons son histoire, des premiers pas de la g\u00e9n\u00e9tique \u00e0 nos jours, et vous montrons comment nous associons la bio-informatique aux biotechnologies<\/a> pour produire des parfums et des fragrances \u00e0 partir de micro-organismes.<\/p>\n\n\n\n

La naissance de la bio-informatique.<\/h2>\n\n\n\n

Dans les ann\u00e9es 1850, le biologiste autrichien Gregor Mendel posa les bases de l\u2019h\u00e9r\u00e9dit\u00e9 et de la g\u00e9n\u00e9tique moderne. En travaillant sur l\u2019hybridation des v\u00e9g\u00e9taux et gr\u00e2ce \u00e0 des exp\u00e9riences sur les pois, il affirma que lors de la reproduction, ce ne sont pas les caract\u00e8res \u00e0 proprement parler (comme la couleur des yeux) qui sont transmis, mais quelque chose d\u2019autre qu\u2019il d\u00e9signa par le nom de \u00ab faktoren \u00bb. Pr\u00e8s de 60 ans plus tard, en 1909, le g\u00e9n\u00e9ticien danois Wilhelm Johannsen donna \u00e0 ces \u00ab faktoren \u00bb le nom de g\u00e8nes<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n

\u00c0 l\u2019\u00e9poque, les scientifiques ne disposaient pour consigner leurs donn\u00e9es que de papier et de crayons. L\u2019information circulait peu, les bases de donn\u00e9es \u00e9taient tr\u00e8s r\u00e9duites et les \u00e9changes entre chercheur\u00b7euses n\u2019avaient lieu qu\u2019en de rares occasions. Il \u00e9tait tr\u00e8s compliqu\u00e9 pour un\u00b7e scientifique de se baser sur les travaux d\u2019un\u00b7e coll\u00e8gue pour \u00e9laborer ses propres protocoles.<\/p>\n\n\n\n

Avance rapide \u00e0 quelques d\u00e9cennies plus tard : la masse de donn\u00e9es, d\u2019\u00e9tudes et de r\u00e9sultats d\u2019exp\u00e9riences oblige \u00e0 trouver de nouvelles techniques de traitement de l\u2019information. Cet afflux nouveau de connaissance co\u00efncide avec l\u2019apparition des ordinateurs, qui sont rapidement utilis\u00e9s pour analyser, calculer, compiler ou recouper un nombre croissant de donn\u00e9es.<\/p>\n\n\n\n

Le terme de bio-informatique est alors d\u00e9fini pour la premi\u00e8re fois en 1970 par la biologiste n\u00e9erlandaise Paulien Hogeweg et son coll\u00e8gue Ben Hesper. \u00c0 l\u2019\u00e9poque, ils d\u00e9signent la bio-informatique comme \u00ab l’\u00e9tude des processus d’information dans les syst\u00e8mes biologiques \u00bb.<\/p>\n\n\n\n

La bio-informatique aujourd\u2019hui.<\/h2>\n\n\n\n

Avec l\u2019av\u00e8nement d\u2019internet \u00e0 partir du milieu des ann\u00e9es 1990, la quantit\u00e9 de donn\u00e9es disponibles a litt\u00e9ralement explos\u00e9. Dans le m\u00eame temps, les capacit\u00e9s de calcul des ordinateurs ont suivi (et suivent toujours) une courbe exponentielle. Si bien que la bio-informatique actuelle n\u2019est plus vraiment celle d\u00e9crite par Hogeweg et Hesper en 1970.<\/p>\n\n\n\n

Aujourd\u2019hui, la bio-informatique est devenue un domaine fondamentalement multidisciplinaire qui fait le pont entre des techniques d\u2019analyse et de mod\u00e9lisation venant d\u2019une part des disciplines num\u00e9riques que sont les math\u00e9matiques et l\u2019informatique, et d\u2019autre part des connaissances des sciences de la vie comme la biologie, la chimie, la microbiologie<\/a>, ou l\u2019\u00e9cologie environnementale.<\/p>\n\n\n\n

Gr\u00e2ce \u00e0 des programmes sp\u00e9cialis\u00e9s, les bio-informaticien\u00b7nes tentent de r\u00e9soudre des probl\u00e8mes biologiques ou d\u2019explorer, cartographier, optimiser des ph\u00e9nom\u00e8nes du vivant. Si ces notions vous paraissent encore floues, restez quand m\u00eame avec nous : plus tard dans cet article, nous vous montrerons comment nos BGeners utilisent la bio-informatique pour s\u00e9lectionner les micro-organismes les plus aptes \u00e0 produire des mol\u00e9cules odorantes destin\u00e9es \u00e0 l\u2019industrie cosm\u00e9tique.<\/p>\n\n\n\n

\"La<\/figure>\n\n\n\n

Quelles formations pour devenir bio-informaticien\u00b7ne.<\/h2>\n\n\n\n

Tout comme leur domaine d\u2019\u00e9tude, la formation<\/a> des bio-informaticien\u00b7nes a grandement \u00e9volu\u00e9. Au d\u00e9but, les pionnier\u00b7res de la discipline \u00e9taient principalement des biologistes ou des informaticien\u00b7nes qui ont d\u00fb apprendre sur le tard les savoirs qui leur faisaient d\u00e9faut. Mais rapidement les universit\u00e9s, reconnaissant l\u2019importance grandissante de la bio-informatique, ont cr\u00e9\u00e9 des cursus scientifiques dot\u00e9s d\u2019une double comp\u00e9tence et sp\u00e9cialement destin\u00e9s \u00e0 la formation des futur\u00b7es bio-informaticien\u00b7nes.<\/p>\n\n\n\n

Actuellement, la plupart des formations \u00e0 la bio-informatique sont de niveau master ou \u00e9cole d\u2019ing\u00e9nieur\u00b7e. Si cette voie professionnelle vous int\u00e9resse, vous pouvez d\u00e9couvrir tous les parcours de formation existants sur le site de l\u2019Onisep<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

Comment BGene utilise la bio-informatique.<\/h2>\n\n\n\n
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\u00ab\u00a0Les abeilles pilotent de\u00e7\u00e0 del\u00e0 les fleurs, mais elles en font apr\u00e8s le miel, qui est tout leur, ce n\u2019est plus ni thym ni marjolaine : ainsi les pi\u00e8ces emprunt\u00e9es \u00e0 autrui, il les transformera et les fondra ensemble, pour en faire un ouvrage tout \u00e0 lui.\u00a0\u00bb<\/em><\/em><\/p>\nMontaigne. Les Essais. Livre I Chapitre 25<\/em><\/cite><\/blockquote>\n\n\n\n

Cette m\u00e9taphore illustre parfaitement ce que nous faisons au sein de nos laboratoires<\/a>. D\u2019une certaine mani\u00e8re, nous copions et collons en butinant diff\u00e9rents organismes pour construire notre propre \u00ab miel \u00bb (les mol\u00e9cules odorantes dont nous vous avons parl\u00e9 plus haut).<\/p>\n\n\n\n

Dans la partie de nos installations appel\u00e9e \u00ab\u00a0La Fabrique\u00a0\u00bb, nos BGeners mettent en \u0153uvre un ensemble d\u2019approches bio-informatiques qui nous aident \u00e0 conf\u00e9rer \u00e0 des micro-organismes (comme les bact\u00e9ries et les levures) des comp\u00e9tences que l\u2019on retrouve dans d\u2019autres organismes vivants (comme les plantes, les champignons ou d\u2019autres micro-organismes). Nous pouvons ainsi apprendre \u00e0 une bact\u00e9rie \u00e0 faire un colorant, un ar\u00f4me ou toute autre mol\u00e9cule int\u00e9ressante pour un industriel.<\/p>\n\n\n\n

Mais le travail ne s\u2019arr\u00eate pas l\u00e0. En effet, nous allons plus loin que le simple copier-coller, car nous optimisons les comp\u00e9tences nouvelles que nous donnons \u00e0 nos bact\u00e9ries ou \u00e0 nos levures.<\/p>\n\n\n\n

Toujours perdu\u00b7e\u00a0? Voici un exemple de ce qu\u2019il se passe sur le terrain\u00a0:<\/p>\n\n\n\n

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  1. Nous s\u00e9lectionnons des h\u00f4tes bact\u00e9riens qui vont nous servir de ch\u00e2ssis. Cette s\u00e9lection se fait sur les micro-organismes les plus adapt\u00e9s \u00e0 la mati\u00e8re premi\u00e8re ou \u00e0 la mol\u00e9cule d\u2019int\u00e9r\u00eat que nous souhaitons produire (que nous appelons la destination). Pour trouver les bons ch\u00e2ssis, nous nous appuyons sur des bases de donn\u00e9es publiques o\u00f9 sont r\u00e9f\u00e9renc\u00e9es les caract\u00e9ristiques chimiques, enzymatiques et m\u00e9taboliques de centaines de milliers de micro-organismes.<\/li>\n\n\n\n
  2. \u00c0 l\u2019int\u00e9rieur du ch\u00e2ssis, nous recherchons et mod\u00e9lisons des voies m\u00e9taboliques n\u00e9cessaires \u00e0 la synth\u00e8se du produit recherch\u00e9. Ces voies m\u00e9taboliques sont les itin\u00e9raires possibles pour atteindre la destination \u00e9voqu\u00e9e plus haut. Pour r\u00e9aliser ces simulations, nos sp\u00e9cialistes en bio-informatique utilisent des algorithmes sp\u00e9cifiques adapt\u00e9s par BGene.<\/li>\n\n\n\n
  3. Une fois ces voies m\u00e9taboliques valid\u00e9es, nous les optimisons pour les rendre les plus efficientes possible (l\u2019itin\u00e9raire le plus efficace) et les ins\u00e9rons dans le ch\u00e2ssis.<\/li>\n\n\n\n
  4. Puis, nous passons \u00e0 la production dans \u00ab\u00a0La Brasserie\u00a0\u00bb, la partie de notre laboratoire d\u00e9di\u00e9e \u00e0 la fermentation de pr\u00e9cision<\/a>.<\/li>\n<\/ol>\n\n\n\n

    Gr\u00e2ce \u00e0 toutes ces techniques et au savoir-faire de notre \u00e9quipe, BGene est mesure de proposer des alternatives aux parfums de synth\u00e8se issus de la p\u00e9trochimie.<\/p>\n\n\n\n

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    D\u00e9couvrez nos innovations dans le domaine de la bio-informatique<\/a><\/div>\n<\/div>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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